Die ursprüngliche Sammlung des Museums wurde durch in Afrika tätige Missionare zusammen gestellt, in der Absicht, das Leben in den Missionsgebieten zu verdeutlichen. Neben dieser Sammlung hat das Afrika Museum auch eine eigene Sammlung bestehend aus erworbenen oder geschenkten Objekten.
Afrikanische Kulturen sind dynamische Kulturen, die sich fortwährend verändern, auch auf dem Gebiet der visuellen Künste. Das Afrika Museum verfolgt diese Entwicklungen, und erwirbt in zunehmendem Maße auch Werke zeitgenössischer afrikanischer Künstler sowie von Künstlern aus der afrikanischen Diaspora.